Mustafi hat in seiner Karriere für die verschiedensten Vereine gespielt. In der Schweiz absolvierte er 54 Spiele in der Super League und 48 in der Challenge League (FC Zürich, FC Basel, FC Aarau, Grasshoppers Zürich, Wil, Lugano, Le Mont.
Im Ausland stand Mustafi in Deutschland bei Arminia Bielefeld (12 Spiele in der 2. Bundesliga), in der schottischen Premier League bei Ross County und zuletzt in Hong Kong bei Kitchee SC unter Vertrag.