Einen Blitzschlag überstand die Homburg noch. Nach dem Revolutionssturm von 1798 lag sie jedoch in Trümmern.
An einem Maiabend des Jahres 1788 ging ein heftiges Gewitter über dem Homburgertal nieder. Dabei traf ein Blitz die oberhalb von Läufelfingen aus dem Wald ragende Homburg. Der Blitz schlug, wie Obervogt Philipp Heinrich Gemuseus nach Basel meldete, nahe dem Pulverturm ins Dach. Im Estrich zerschmetterte er einen mannsdicken Balken, fuhr dann in den unteren Estrich, zerschlug dort ein Fenster samt Mauer und drang durch zwei doppelte Fenster in die Wohnstube des Schlosses ein. Dort warf er den Obervogt vom Stuhl. Dann verschwand der «Strahlschlag» im Rockärmel von Gemuseus’ Gemahlin, verletzte sie am Arm und raste über ihre Brust zum Bein hinunter und schoss durch ein weiteres Fenster in die Küche, nicht ohne in der Wohnstube einen schrecklichen Dampf zurückzulassen. In der Küche richtete der Blitz weitere Schäden an und suchte schliesslich durch den Schüttstein das Weite.
Ein «Exemplum der göttlichen Vorsehung»
Gemuseus sah im glimpflichen Verlauf des Blitzschlag-Abenteuers ein «merkwürdiges, vielleicht unerhörtes Exemplum der göttlichen Vorsehung». Der Obervogt hätte den Vorfall auch anders deuten können, nämlich als Teil eines himmlischen Donnerwetters und Fingerzeig Gottes, seine Amtsführung zu überdenken. Davon kann allerdings keine Rede sein: Die Klagen über den ungerechten und ausbeuterischen Landvogt gingen auch nach dem Mai 1788 weiter.
Der französische Funke
Gemuseus war allerdings nicht der Einzige, der die Zeichen der Zeit nicht verstand. Am 14. Juli 1789 stürmte die unzufriedene Pariser Bevölkerung die Bastille und läutete damit die Epoche der Französischen Revolution ein.
Neun Jahre, im Januar 1798, später befand sich dann auch die Basler Landschaft in Gärung, wie man in der Stadt zur Kenntnis nehmen musste. In Basel stand um Peter Ochs eine neue Führungsmannschaft in den Startlöchern, die bereit war, den Landschäftler Untertanen gewisse politische Rechte einzuräumen, und dabei die alte Garde der städtischen Obrigkeit auf die Seite zu schieben. Die führenden Köpfe der Landschaft waren zu diesem Handel bereit. Um den städtischen Aristokraten klarzumachen, dass man es ernst meinte, zögerte man nicht, etwas Zunder zu geben.
Das Ende
Am 17. Januar 1789 wurde die Waldenburg geräumt und von aufgebrachten Landschäftlern zerstört. Vier Tage später erging es der Farnsburg nicht besser. Am 23. Januar dann war die Homburg an der Reihe. Über ihr Ende schreibt Ludwig Freivogel in der «Geschichte der Landschaft Basel und des Kantons Basel-Landschaft»: «Man verbrachte das Archiv und die Habseligkeiten nach Läufelfingen, riss das Schloss bis auf die Mauern nieder, vergantete den Dachstuhl, die Fenster, das Getäfer, die Türen, Öfen, ,Bauchkessel‘ und verteilte den Erlös für die Mühe des Abbrechens den Landleuten.»
Die Ruine überliess man anschliessend für mehr als hundert Jahre ihrem Schicksal. In den Jahren 1935 bis 1949 wurden einzelne Mauern wiederaufgebaut. Von 2008 bis 2010 führte die Archäologie Baselland eine umfassende Konservierung durch.
Philipp Heinrich Gemuseus lebte nach seiner Vertreibung von der Homburg zunächst mit seiner Frau im waadtländischen Moudon. Nach deren Tod im Jahr 1804 nahm er Wohnsitz in Freiburg im Breisgau, wo er am 2. Juni 1805 verstarb.
Den Bericht von Gemuseus Blitzschlag-Abenteuer kann man sich noch bis 29. Juni 2014 in der Ausstellung «Echte Burgen – falsche Ritter» im Historischen Museum Basel anhören.
Der Film «Barbaren», in dem die Homburg von Sozialrevolutionären eingenommen wird, nachdem eine Bittschrift nichts gefruchtet hatte, entstand im Sommer 1969 oder 1970. Er kam auch unter dem Titel «Vier gegen das Imperium» in die Kinos.